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연구시험용시설등에 대한 조세특례

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작성자 태경회계법인 댓글 0건 조회 5,759회 작성일 10-09-13 18:46

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1. 신기술기업화 사업용 자산에 대한 조세특례
 
 
1-1. 신기술기업화 사업의 범위
 
 
1-1-1. 범 위
 

신기술기업화사업이란 시행령 제10조 제3항에 열거하는 사업에 한정한다(시행령 제10조 제4항).
기업화란 최소한 계속적ㆍ계획적 의도를 가지고 특정한 종류의 경제행위를 반복적ㆍ일상적으로 수행하는 활동을 의미한다고 할 것이며 구체적으로 교육과학기술부장관이 주무부장관과 협의하여 인정하여야 한다. 즉, 신기술기업화 사업자는 「신기술기업화 사업인정신청서」를 작성하여 교육과학기술부장관에게 제출하여야 하며 교육과학기술부장관은 주무부장관의 의견을 조회하여 신기술기업화 사업인정통보를 하게 된다(과학기술처, 신기술기업화 사업인정신청서 검토 및 처리지침, 1986. 2. 15).
 
 
1-1-2. 특허기술의 기업화
 

  특허법에 의하여 특허권을 배타적으로 획득한 국내기술의 개발성과를 처음으로 기업화하는 사업은 신기술기업화사업에 해당한다.
자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도의 발명을 한 자는 특허를 받을 수 있는 권리를 가지며 특허출원을 통하여 설정의 등록에 의하여 특허권은 효력이 발생한다. 특허권자는 물건의 특허발명에 있어서는 업으로서 그 물건을 생산ㆍ사용ㆍ판매ㆍ수입 또는 확보할 권리를 독점하고 그 방법의 발명에 있어서는 업으로서 그 방법을 사용하거나 그 방법에 의하여 생산된 물건의 사용ㆍ판매ㆍ수입 또는 확보하는 권리를 독점한다. 또한 특허권자는 특허권을 타인에게 양도하거나 또는 타인에게 당해 특허발명에 관한 전용실시권 내지 통상실시권을 설정ㆍ허락할 수 있으며 이러한 경우 전용실시권자 내지 통상실시권자는 특허법 또는 설정행위로 정한 범위 내에서 업으로 그 특허발명을 실시할 권리를 가지게 된다.
 

  따라서 특허기술의 기업화란 이러한 특허권자ㆍ전용실시권자 또는 통상실시권자 등이 당해 특허발명을 처음으로 업으로 실시함을 말하며 일단 타인이 이미 업으로 영위하고 있는 특허기술의 생산활동 등에 추가로 참여하는 내국인은 이에서 제외된다고 할 것이다.
 
 
1-1-3. 신기술의 기업화
 

산업기술의 자주적 개발을 위하여 기술개발촉진법 제6조와 기술개발촉진법 시행령 제9조에서는 일정한 심사를 거친 신기술을 이용하여 제품을 제조하는 자에 대하여는 소정의 보호제도를 규정하여 투자된 자본의 회수와 적정이윤의 확보를 보장하도록 하고 있다.
 
 
1-1-4. 연구기관 등의 개발기술의 기업화
 

  기술개발촉진법 제7조 제1항과 기술개발촉진법 시행령 제15조에서 규정하는 기관이란 기업연구소 등이다.
 

  과학기술분야를 연구하는 비영리법인의 연구기관은 시행규칙 제9조 제2항에서 규정하는 ‘비영리법인인 연구기관’과는 그 범위가 상이함에 유의하여야 한다. 즉, 동시행규칙에서는 비영리법인인 연구기관의 범위를 구체적으로 규정하고 있으나 이를 본 조에 준용할 근거는 없으며 따라서 본 조의 비영리법인의 연구기관이란 첫째, 과학기술분야를 연구하고 둘째, 비영리법인(또는 그에 부설된)인 요건만을 충족하면 모두 해당된다고 할 것이다.
 
 
1-1-5. 실용신안의 기업화
 

실용신안법에 의하여 실용신안권을 배타적으로 획득한 신규의 고안을 처음으로 기업화하는 사업은 신기술기업화사업에 해당한다.
자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 신규의 고안을 한 자는 실용신안등록을 받을 수 있는 권리를 가지며 설정의 등록에 의하여 실용신안권의 효력이 발생한다. 실용신안권자는 그 등록실용신안의 물건을 업으로 생산ㆍ사용ㆍ판매ㆍ수입 또는 확보할 권리를 독점하며 전용실시권자 또는 통상실시권자에의 권리설정ㆍ허락행위 등을 할 수 있음을 전술한 특허권의 경우와 동일하다.
 
 
1-1-6. 컴퓨터프로그램저작물의 기업화
 

컴퓨터프로그램보호법에 의하여 등록을 한 컴퓨터프로그램저작물을 처음으로 기업화하는 사업은 신기술기업화사업에 해당한다.
컴퓨터프로그램저작물이란 특정한 결과를 얻기 위하여 컴퓨터 등 정보처리능력을 가진 장치안에서 직접 또는 간접으로 사용되는 일련의 지시ㆍ명령으로 표현된 창작물을 말한다. 프로그램저작자(컴퓨터프로그램저작물을 창작한 자)는 프로그램을 공표하거나 공표하지 아니할 것을 결정할 권리, 프로그램이나 그 제작물 또는 프로그램의 공표를 함에 있어서 실명 또는 이명을 표시할 권리, 특정사항의 경우를 제외하고 프로그램의 제호ㆍ내용 및 형식의 동일성을 유지할 권리와 프로그램을 복제ㆍ개작ㆍ번역ㆍ배포ㆍ발행 및 전송할 권리를 가진다.
 
 
1-1-7. 반도체집적회로의 배치설계의 기업화
 

반도체집적회로의 배치설계에 관한 법률에 의하여 설정등록된 반도체집적회로의 배치설계를 처음으로 기업화하는 사업은 신기술기업화사업에 해당한다.
2005년 2월 19일 시행령 개정시 비메모리 반도체산업을 육성하고 반도체설계기술의 급속한 환경변화에 효과적으로 대처하기 위하여 투자세액공제 대상에 추가하였으며 2005년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도분부터 적용된다.
 
 
1-2. 사업용 자산의 범위
 

신기술기업화사업에 공하는 ‘사업용 자산’이란 시행규칙 제3조 제1항 및 제2항에서 규정하고 있다.
 
 
1-3. 신기술기업화 사업용 자산에 대한 조세특례
 
 
1-3-1. 투자세액공제
 

신기술기업화 사업용 자산에 2012년 12월 31일까지 투자한 금액에 대하여는 다음에 상당하는 세액을 당해 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 법인세 또는 사업소득(부동산 임대소득은 제외)에 대한 소득세에서 공제한다.
 

 
 
 
                                                                    10
    투자세액공제액 = 신기술기업화 사업용 자산에 대한 투자금액× ───
                                                                  100

 
 
 

 

2010년 1월 1일 법 개정시 일몰기한을 3년 연장하였다.
 

2008년 9월 26일 법 개정시 세율공제율을 7%에서 10%로 상향조정하였으며, 2008년 9월 26일이 속하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용된다.
 

2003년 12월 30일과 2006년 12월 30일 법 개정시 일몰기한을 각각 3년씩 연장하였다.
 

(1) 투자금액
  투자금액에는 중고품에 의한 투자, 기존설비에 대한 보수 및 자본적 지출, 그리고 운휴중인 설비를 제외하며, 금융리스방식에 의하여 취득한 시설을 포함한다〈법인 22601-1042, 1987. 4. 27〉. 그러나, 운용리스계약에 의한 취득은 제외되며, 운용리스계약에 의해 설치ㆍ사용중이던 시설을 취득하더라도 투자에 포함되지 않는다〈법인 22601-2574, 1986. 8. 19〉, (기본통칙 5-0…3).
 

  세액공제의 대상이 되는 투자금액은 시행령 제10조 제5항에 따라 시행령 제4조 제3항을 준용할 것이며 기계장치의 설치비 기타 부대비용〈법인 22601-2474, 1988. 9. 2〉 및 동 자산투자에 대한 건설자금이자도 포함한다(기본통칙 5-0…1). 다만, 법인세법 시행령 제72조 제3항 각호의 금액은 투자금액에 포함하지 아니한다〈법인 46012-235, 2003. 4. 14.〉.
 

  투자세액공제는 시설에 투자한 내국인이 당해 시설의 사용자인 경우에 한하여 적용한다. 다만, 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 투자세액공제 적용 시설을 수탁가공업체의 사업장에 설치하고 그 시설에 대한 유지ㆍ관리비용을 부담하면서 생산한 제품을 전량 인수하여 자기 책임하에 직접 판매하는 경우에는 당해 시설을 설치한 자가 사용한 것으로 본다(기본통칙 5-0…4).
 

  국고보조금 등으로 사업용 자산을 취득하고 손금에 산입된 부분에 대하여는 이중혜택을 배제한다는 취지에서 종전에는 조세특례제한법에 의한 투자세액공제를 적용하지 아니하며 또한 동법에 의한 준비금을 당해 목적에 사용한 것으로 보지 아니하도록 동법 기본통칙에 규정되어 있었다. 그러나 법인세법 제36조 내지 제38조는 국고보조금 등에 의한 사업용 자산취득이나 개량에 대한 법인세의 과세이연이고 감면특혜에 관한 조항은 아니므로 조세의 특혜조항이라 할 수 있는 조세특례제한법상의 투자세액공제는 국고보조금 등의 손금산입과는 관계없이 적용되어야 할 것이다〈대법 85누521, 1987. 5. 26〉. 이를 반영하여 구기본통칙 4-0…3에서도 투자세액공제와의 중복적용 배제문구가 삭제되었고 따라서 국고보조금으로 취득한 사업용 자산에 대하여도 투자세액공제가 적용된다.
 

(2) 공제연도
  신기술기업화 사업용 자산에 대한 투자세액공제는 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도에 일괄 공제하는 것이다. 단 투자기간이 2개 이상의 과세연도에 걸치는 경우에는 당해 투자가 이루어지는 각 과세연도마다 당해 과세연도에 투자한 금액에 대하여 투자세액공제를 받을 수 있는 것이다.
 

  투자를 완료한 날이란 기본통칙 5-0…2에 의한다.
그리고 목적에 실제로 사용한 날이란 당해 사업용 자산의 설치를 전부 완료하여 판매가능한 정상제품의 제조를 개시한 날을 의미한다〈법인 1264.21-4423, 1983. 12. 27〉.
 

  투자가 2개 이상 과세연도에 걸치는 경우의 투자금액계산은 시행령 제4조 제3항을 준용하도록 되어 있다. 즉, 다음 중 많은 금액에서 당해 과세연도 이전에 투자세액공제를 받은 투자금액과 투자세액공제제도를 적용받기 전에 투자한 분에 대한 총투자금액에 작업진행률에 의하여 계산한 금액을 합한 후에 그 금액을 차감한 금액을 투자금액으로 한다.
첫째, 도급금액에 작업진행률을 곱하여 계산한 금액(작업진행률이 분명하지 않을 때는 도급자가 확인한 기성고에 의한 금액)
둘째, 당해 과세연도에 투자를 위하여 실제로 지출한 금액
이 때 최초 과세연도에 상기와 같은 방법에 의해 계산한 투자금액에 대해 세액공제를 하였다면 그 이후의 과세연도에도 세액공제방법을 선택하여야 할 것이다.
 

(3) 투자세액공제의 계산
신기술기업화 사업용 자산에 대한 투자세액공제액은 국산기자재 또는 외산기자재의 매입원가에 그 사업용 자산의 설치에 소요된 부대비용(건설자금이자 포함)을 합한 금액에 10%를 곱하여 세액공제액을 계산한다.
 

  3. 조세특례제한 및 보칙규정
 
3-1. 중복지원의 배제

  내국인이 동일한 사업용 자산에 대하여 본 조에서 규정하는 투자세액공제외에 조세특례제한법상의 여타 특정한 투자세액공제가 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용하여야 한다(법 제127조 제2항 해설 참조).

  법 제121조의 2 또는 법 제121조의 4의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받는 내국인에 있어서는 본 조에 따른 신기술기업화 사업용 자산 등에 대한 투자세액공제액 계산시 내국인투자비율에 상당하는 금액 범위 내에서만 공제하는 것이며, 이에 대한 자세한 설명은 법 제127조 제3항 해설을 참조하기로 한다.

  내국인이 동일한 과세연도에 창업중소기업의 세액감면 등의 규정과 본 조에서 규정하는 투자세액공제는 중복적용이 배제되며 그 중 하나만을 선택하여 적용하여야 한다(법 제127조 제4항 해설 참조).
 
3-2. 최저한세의 적용

본 조의 규정에 의한 조세특례를 포함한 일정한 조세특례제한법상의 각종 조세특례는 법 제132조 최저한세의 규정을 적용받아 그 특례범위가 제한되기도 하며 이에 대하여는 법 제132조 해설을 참조하기로 한다.
 
3-3. 공제세액의 이월공제

신기술기업화 사업용 자산 등에 대한 투자세액공제액과 기타의 세액공제액이 전술한 최저한세규정의 적용을 받아 당해연도에 공제받지 못한 세액공제액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일로부터 5년(2004. 1. 1. 당시 종전의 법 제144조 제1항의 규정에 의한 이월세액공제액은 4년) 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 공제받을 수 있으며 이에 대한 자세한 설명은 법 제144조 해설을 참조하기로 한다.
 
3-4. 추계과세시 적용배제

소득세법 제80조 제3항 단서 또는 법인세법 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 각 과세연도의 소득에 대한 추계과세를 하는 경우에는 본 조에서 규정하는 조세특례의 전부가 그 적용이 배제된다. 이에 대한 자세한 설명은 법 제128조 해설을 참조하기로 한다.
 
3-5. 수도권 과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면배제

1989년 12월 31일 이전부터 수도권 과밀억제권역에서 계속하여 사업을 영위하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권 과밀억제권역에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함함)을 이전하여 설치하는 중소기업이 수도권 과밀억제권역에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산(디지털 방송장비 및 정보통신장비 제외)으로서 대통령령이 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대하여는 법 제11조 제2항 제3호의 규정을 적용하지 아니한다. 대통령령이 정하는 증설투자란, 공장인 사업장의 경우에는 사업용 고정자산을 새로이 설치함으로써 공장의 연면적이 증가되는 투자를 말하며, 공장 외의 사업장인 경우에는 사업용 고정자산을 새로이 설치함으로써 사업용 고정자산의 수량 또는 사업장의 연면적이 증가되는 투자를 말한다. 이에 대한 자세한 내용은 법 제130조의 해설을 참조하기로 한다.
 
3-6. 감면공제세액의 납부

연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제를 적용받은 내국인이 투자완료일부터 2년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 당해 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. 이에 대한 자세한 설명은 법 제146조의 해설을 참조하기로 한다.
 
2. 연구시험용시설 등에 대한 조세특례
 
 
2-1. 연구시험용 및 직업훈련용 시설의 범위
 

  대통령령이 정하는 연구시험용시설이란 시행령 제10조 제1항에 따라 시행규칙 제8조 제1항에 규정된 것을 말한다.
이 중 전담부서란 기술개발촉진법 시행규칙 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서, 문화산업진흥기본법 시행규칙 제11조의 6에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서를 말하며(법 제9조 해설 참조), 그 시설의 범위로 위 시행규칙에 규정된 바와 같이 기계장치, 공구, 기구 및 비품 중 사무기기 및 통신기기, 시계ㆍ시험기기 및 측정기기, 광학기기 및 사진제작기기를 포함한다. 또한 연구전담부서에서 실질적으로 연구시험을 위해 직접 사용하는 특정 연구용 소프트웨어도 포함된다〈서이 46012-10172, 2003. 1. 24.〉.
 

  대통령령이 정하는 직업훈련시설이란 시행령 제10조 제2항 및 시행규칙 제8조 제2항에 규정된 것을 말한다.
 
 
2-2. 연구시험용 시설 등에 대한 조세특례
기술개발을 위한 연구시험용 시설ㆍ직업훈련용 시설에 대한 투자세액공제 조세특례규정은 그 대상자산 차이 이외에 기타 사항에 대하여는 신기술기업화 사업용 자산에 대한 조세특례 관련규정과 동일하다.
각각의 내용에 대하여는 본 조 ‘1.’의 각 해당규정을 참조하기로 한다.
 

3. 조세특례제한 및 보칙규정
 
 
3-1. 중복지원의 배제

  내국인이 동일한 사업용 자산에 대하여 본 조에서 규정하는 투자세액공제외에 조세특례제한법상의 여타 특정한 투자세액공제가 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용하여야 한다(법 제127조 제2항 해설 참조).

  법 제121조의 2 또는 법 제121조의 4의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받는 내국인에 있어서는 본 조에 따른 신기술기업화 사업용 자산 등에 대한 투자세액공제액 계산시 내국인투자비율에 상당하는 금액 범위 내에서만 공제하는 것이며, 이에 대한 자세한 설명은 법 제127조 제3항 해설을 참조하기로 한다.

  내국인이 동일한 과세연도에 창업중소기업의 세액감면 등의 규정과 본 조에서 규정하는 투자세액공제는 중복적용이 배제되며 그 중 하나만을 선택하여 적용하여야 한다(법 제127조 제4항 해설 참조).
 
3-2. 최저한세의 적용

본 조의 규정에 의한 조세특례를 포함한 일정한 조세특례제한법상의 각종 조세특례는 법 제132조 최저한세의 규정을 적용받아 그 특례범위가 제한되기도 하며 이에 대하여는 법 제132조 해설을 참조하기로 한다.
 
3-3. 공제세액의 이월공제

신기술기업화 사업용 자산 등에 대한 투자세액공제액과 기타의 세액공제액이 전술한 최저한세규정의 적용을 받아 당해연도에 공제받지 못한 세액공제액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일로부터 5년(2004. 1. 1. 당시 종전의 법 제144조 제1항의 규정에 의한 이월세액공제액은 4년) 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 공제받을 수 있으며 이에 대한 자세한 설명은 법 제144조 해설을 참조하기로 한다.
 
3-4. 추계과세시 적용배제

소득세법 제80조 제3항 단서 또는 법인세법 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 각 과세연도의 소득에 대한 추계과세를 하는 경우에는 본 조에서 규정하는 조세특례의 전부가 그 적용이 배제된다. 이에 대한 자세한 설명은 법 제128조 해설을 참조하기로 한다.
 
3-5. 수도권 과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면배제

1989년 12월 31일 이전부터 수도권 과밀억제권역에서 계속하여 사업을 영위하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권 과밀억제권역에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함함)을 이전하여 설치하는 중소기업이 수도권 과밀억제권역에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산(디지털 방송장비 및 정보통신장비 제외)으로서 대통령령이 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대하여는 법 제11조 제2항 제3호의 규정을 적용하지 아니한다. 대통령령이 정하는 증설투자란, 공장인 사업장의 경우에는 사업용 고정자산을 새로이 설치함으로써 공장의 연면적이 증가되는 투자를 말하며, 공장 외의 사업장인 경우에는 사업용 고정자산을 새로이 설치함으로써 사업용 고정자산의 수량 또는 사업장의 연면적이 증가되는 투자를 말한다. 이에 대한 자세한 내용은 법 제130조의 해설을 참조하기로 한다.
 
3-6. 감면공제세액의 납부

연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제를 적용받은 내국인이 투자완료일부터 2년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 당해 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. 이에 대한 자세한 설명은 법 제146조의 해설을 참조하기로 한다.

출처: 삼일임포마인

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