매입자발행세금계산서의 이해 > 자료실

매입자발행세금계산서에 의한 매입세액공제 특례(조특법 제126조의4)

1. 매입자발행세금계산서제도의 개요

  부가가치세법 제16조(세금계산서)의 규정에 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자(일반과세자)가 재화 또는 용역을 공급하고 부가가치세법 제16조의 규정에 따른 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자(매입자)는 관할세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 “매입자발행세금계산서”라 함)를 발행할 수 있으며, 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 부가가치세액에 대하여 매입세액공제를 받을 수 있다.

  한편, 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있는 자는 조특법시행령 제121조의 4 제1항에서 규정하고 있는 일반과세자로부터 재화 또는 용역을 공급받은 모든 사업자(일반ㆍ간이과세자, 면제사업자 포함)를 말하는데, 해당 사업자의 경우 매입자발행세금계산서를 발행하여 법인세법 및 소득세법상 지출증빙으로 사용 가능하기 때문에 증빙불비가산세의 문제를 해소할 수 있다.

2. 매입자발행세금계산서의 교부절차
 
2-1. 거래사실의 확인 신청

매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 “신청인”이라 함)는 부가가치세법 제16조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다. 이 경우 거래사실의 확인신청이 되는 거래는 거래 건당 공급대가가 10만원 이상인 것을 말한다(시행령 제121조의 4 제2항 및 제3항 및 시행규칙 제61조 제1항 제77호).

2-2. 신청인(매입자) 관할세무서장의 보정요구, 거부결정 및 송부

  매입자발행세금계산서의 신청을 받은 신청인(매입자)의 관할세무서장은 신청서에 재화 또는 용역을 공급한 자(이하 “공급자”라 함)의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일로부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정을 요구할 수 있다. 이 경우 신청인(매입자)이 보정기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음에 해당하는 경우에는 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다(시행령 제121조의 4 제4항 및 제5항).

① 거래사실 확인신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우
② 신청서의 내용으로 보아 거래당시 미등록사업자 및 휴ㆍ폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

  신청인(매입자) 관할세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대하여는 거래사실확인신청서가 제출된 날(보정을 요구한 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자의 관할세무서장에게 송부하여야 한다(시행령 제121조의 4 제6항).
 
2-3. 공급자 관할세무서장의 거래사실 확인 및 통지

신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인(거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다)하고, 신청일의 다음달 말일까지 다음의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 시행규칙 제52조의 4에서 정하는 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다(시행령 제121조의 4 제7항 및 제8항 및 시행규칙 제52조의 4).
① 거래사실이 확인되는 경우 : 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지
② 거래사실이 확인되지 아니하는 경우 : 거래사실 확인불가 통지
 
2-4. 매입자발행세금계산서의 교부

신청인(매입자) 관할세무서장은 공급자 관할세무서장으로부터 거래사실 확인통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인 결과를 통지하여야 하며, 신청인(매입자) 관할세무서장으로부터 통지를 받은 신청인은 공급자 관할세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무장으로부터 거래사실확인통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 교부한 것으로 본다(시행령 제121조의 4 제9항 및 제10항 및 시행규칙 제61조 제1항 제78호).

3. 매입자발행세금계산서에 의한 매입세액공제

매입자발행세금계산서를 교부한 자는 부가가치세법 제18조에 따른 예정신고 및 동법 제19조에 따른 확정신고 또는 국세기본법 제45조의 2 제1항에 따른 경정청구시 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 부가가치세법 제17조 제1항 및 제26조 제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다(시행령 제121조의 4 제11항 및 시행규칙 제61조 제1항 제79호).

[매입자발행세금계산서 발행절차]

                                              7. 매입자발행세금계산서교부                   
        [매입자(신청인)]                                                                                [공급자]

1. 거래사실확인신청서제출                                                          4. 확인
3. 확인거부통지(요건미충족시)                                                    5. 확인결과통지
6. 확인결과통지

      [매입자관할세무서]                                                                  [공급자관할세무서]
2. 확인요건검토                          3.송부(확인요건 충족시) 
                                                5.확인결과통지